南瓜子富含脂肪和热量，过量食用容易导致肥胖。每100克的南瓜子含有约500卡路里的热量，而且大部分是来自脂肪，长期摄入过多的脂肪会增加体重，加重心脏负担，增加患心血管疾病的风险。
南瓜子中的嘌呤含量较高，容易导致痛风。嘌呤是一种有机化合物，过多摄入会增加尿酸的产生，导致尿酸盐在关节堆积，引发痛风。痛风是一种关节炎，会引起关节剧痛、肿胀，严重影响生活质量。
南瓜子中的硒含量较高，但过量摄入可能对身体造成损伤。硒是一种微量元素，有抗氧化作用，但过量摄入会引起硒中毒，出现头晕、乏力、恶心等症状，甚至影响肝脏和肾脏功能，严重者可能导致死亡。因此，食用南瓜子时应适量，不宜过量食用。
综上所述，虽然南瓜子是一种营养丰富的食品，但过量食用可能导致肥胖、痛风和硒中毒等三大害处，建议在日常生活中适量食用，以免对健康造成不良影响。