1. 免疫系统失衡：益生菌过量或种类选择不当，可能导致免疫系统失衡，出现过敏、自身免疫性疾病等问题。
2. 肠道菌群紊乱：益生菌过量使用可能破坏肠道内部微环境，导致肠道菌群紊乱，影响营养吸收。
3. 消化不良：大量摄入益生菌可能对胃肠道产生负担，出现腹泻、胀气、消化不良等情况。
4. 药物相互作用：益生菌与某些药物会发生相互作用，影响药效，应谨慎搭配使用。
5. 肠胃不适：敏感性肠道者或肠胃疾病患者过量使用益生菌，可能引发肠胃不适，如腹痛、腹泻等。
6. 膳食不均衡：长期依赖益生菌补充，可能导致膳食结构不均衡，影响其他有益微生物的生长。
7. 质量监管不严：益生菌市场品种繁多，质量参差不齐，选择不当有可能摄入劣质或无效益生菌。
8. 对特定人群不适宜：孕妇、婴幼儿、免疫力低下者等特定人群使用益生菌需特别谨慎，可能出现不良反应。
9. 长期副作用：长期大量使用益生菌，可能导致肠道对益生菌过度依赖，减少自身微生态系统的自我平衡能力。
10. 伪科学误导：部分宣传过度的益生菌产品存在伪科学成分，误导消费者，带来健康隐患。
为了避免以上危害，使用益生菌前应咨询医生建议，选择正规途径购买品质有保证的产品，合理使用益生菌，以维护身体健康。