由于艾灸是通过火熏灸的方式进行的，如果施灸时不注意，有可能会引起局部皮肤的烫伤。另外，施灸的过程中会耗损一定的精血，因此有些部位或者某些人不能进行艾灸，这些就是施灸的禁忌。虽然古代的施灸法有很多禁忌，有些虽然可以打破，但有些情况确实是应该遵守禁忌的。
暴露在外的部位，如颜面，不宜直接施灸，以免导致瘢痕形成，影响美观。
皮肤较薄、肌肉较少、筋肉结聚处，妊娠期妇女的腰骶部、下腹部，男女乳头、阴部、睾丸等部位都不适宜施灸。此外，关节部位也不宜直接施灸。再者，大血管处、心脏部位以及眼球所在的颜面部位也不适合施灸。
极度疲劳、饥饿或者饱食过度、酒醉、大量出汗、情绪不稳定，以及妇女经期时都不适宜施灸。
某些传染病、高热、昏迷或者癫痫发作期间，以及身体极度衰竭和体型过于瘦弱的人都不适宜施灸。
对于那些没有自制力的人，比如精神病患者等，不适宜施灸。
施灸时要专心致志，保持耐心：在施灸的过程中要集中注意力，不要分散，以免导致艾条移位，浪费时间，也无法达到预期效果。对于养生保健灸来说，要长期坚持，偶尔灸是不能起到预期效果的。
要注意体位和穴位的准确性：选择合适的体位是为了方便进行艾灸，同时也要保证体位的舒适和自然。根据医生的处方找准相应的部位和穴位，以确保艾灸的效果。
注意防火：现代人的衣物大多采用化纤、羽绒等材质，很容易燃烧。因此，在施灸时一定要注意防止着火，特别是使用艾炷进行艾灸时，更要格外小心，以防止艾炷翻滚脱落。使用艾条进行艾灸后，可以将点燃的一端放入直径略大于艾条的瓶子中，以便灭火。
要注意保暖和防暑：由于施灸时需要暴露部分皮肤，冬季要注意保暖，夏季高温时要避免中暑。同时，还要注意室内温度的调节，及时开启或更换空气流通。
要防止感染：如果进行了化脓灸或者由于施灸不当导致局部烫伤，可能会形成灸疮，切忌将疮口弄破。如果疮口已经感染，应及时使用消炎药物。
掌握施灸的顺序：如果需要对多个穴位进行灸治，则应按照背部先灸后胸腹部，以及先头身后四肢的顺序进行。
注意施灸的时间：某些疾病需要特别注意施灸的时间，比如失眠症需要在临睡前进行艾灸。饭前空腹或者饭后立即灸治都不适宜。
循序渐进：初次使用艾灸方法时，要注意掌握适当的刺激量，可以先尝试少量、小剂量的艾炷，或者灸疗的时间短一些，壮数较少一些。之后再逐渐增加剂量，不要一开始就施行大剂量的艾灸。
防止晕灸：虽然晕灸并不常见，但一旦发生晕灸，会出现头晕、眼花、恶心、面色苍白、心慌、出汗等症状，甚至有可能晕倒。一旦发生晕灸，应立即停止施灸，躺下静卧，并进行足三里穴的温和艾灸，持续10分钟左右。
注意施灸温度的调节：对于皮肤感觉迟钝或儿童而言，可以将食指和中指放在施灸部位两侧，以感知施灸部位的温度，既不会烫伤皮肤，又能达到良好的效果。