甲流是由流感病毒引起的急性呼吸道传染病，常见于儿童群体。高烧39度是其典型症状之一，这种高烧不仅影响身体的舒适度，也对大脑功能造成一定程度的影响。
高烧对小孩大脑的影响主要表现在两个方面：一是可能导致脑细胞受损，尤其是在高烧持续时间较长的情况下，可能会对大脑神经元造成一定损伤；二是高烧会影响大脑的正常代谢和功能运作，可能导致一时的思维迟缓、注意力不集中等问题。
家长在孩子高烧39度时应采取有效的措施来保护大脑健康。首先是及时给予退烧药物，控制体温；其次是保持空气流通，保持环境清洁，有助于减少病毒的传播和二次感染；还应注意补充足够的水分和营养，帮助孩子抵抗病毒，促进身体恢复。
除了药物治疗和环境控制外，还可以通过中医养生方法来辅助治疗。中医强调调整体内的阴阳平衡，通过中药调理和针灸等手段来加速康复进程，提升身体的抵抗力。
综上所述，小孩甲流高烧39度不仅仅是身体健康的问题，也牵涉到大脑功能的保护和恢复。家长们在面对这一情况时，应综合运用现代医学和传统养生知识，全面照顾孩子的健康。