黑苦荞茶的副作用主要包括：
1. 荞麦过敏：荞麦属于含有过敏原的食物，部分人群可能对黑苦荞茶中的荞麦成分过敏，出现过敏反应如皮疹、呼吸困难等。因此，对于容易过敏的人群，饮用黑苦荞茶前应先进行过敏测试。
2. 荞麦中毒：在制作黑苦荞茶的过程中，若使用了未经严格筛选的荞麦种子可能会受到霉菌污染，存在一定的食品安全隐患。长期饮用受到霉菌感染的黑苦荞茶可能导致荞麦中毒，对身体造成危害。
3. 荞麦草酸含量高：荞麦中含有较高的草酸，长期食用过多荞麦制品可能影响人体对矿物质的吸收，导致钙、锌等微量元素缺乏。建议适量食用荞麦制品以避免潜在的矿物质吸收问题。
4. 荞麦中雌激素含量较高：荞麦中含有一定量的植物雌激素，长期大量摄入可能影响内分泌系统平衡，对于患有内分泌性疾病或孕妇来说，要限制荞麦制品的摄入量。
饮用黑苦荞茶时，应注意适量为宜，对于存在荞麦过敏症状或特殊疾病的人群，应在医务人员指导下酌情饮用。保障黑苦荞茶的品质和来源也是降低潜在副作用的重要方法。