由于功能性消化不良的发病机理尚不完全清楚，个体的发病机制不尽相同。对于不同的症状，采用不同的治疗方式是目前治疗功能性消化不良的主要措施。
(一)抑制胃酸分泌药
包括质子泵抑制剂和H2受体拮抗剂。一般用于以上腹痛、反酸、烧心为主要症状的患者。
(二)促胃肠动力药
一般适用于上腹胀、早饱、嗳气为主要症状的患者。常用的药物包括多潘立酮10mg和莫沙必利5-10mg，均在餐前15-30分钟服用，每日3次。这些药物能改善由于胃肠动力障碍引起的功能性消化不良，促进胃排空。
(三)根除幽门螺杆菌治疗
对于功能性消化不良患者中HP阳性的人群，通过根除幽门螺杆菌感染，症状缓解率可达87%。美国胃肠病学会建议，对于无报警症状的年轻患者，推荐进行无创伤性的HP检测和治疗，以减少消化性溃疡的风险。因此，对于有幽门螺杆菌感染的功能性消化不良患者，推荐进行抗幽门螺杆菌治疗。但在治疗前需要向患者解释治疗的获益和风险，详细解释其疗效、不良反应及治疗的价值，最终决策需由医患协商共同决定。
(四)抗抑郁药
精神药物可以用于治疗顽固性功能性消化不良。常用的抗抑郁药物包括三环类和5-HT再摄取抑制剂（SSRI），如百忧解、赛乐特等。研究发现，抗抑郁治疗可以明显改善部分顽固性功能性消化不良患者的临床症状，其机制可能是通过改变患者的胃机械感觉阈值和睡眠来实现的。抑郁药物如阿米替林和新的选择性5-羟色胺再摄取抑制剂如帕罗西汀等，在开始治疗时应从小剂量开始，注意药物的不良反应。
(五)胃肠动力和感觉调节剂
5-HT4受体激动剂替加色罗（泽马可）已用于治疗肠易激综合症。替加色罗可以增强肠道的动力，同时对于因感觉过敏引起的肠道症状，如腹胀和腹痛，也具有一定疗效。因此，它可以改善功能性消化不良患者的上腹胀和早饱等症状。然而，最近发现替加色罗存在严重的不良反应，限制了其临床应用。
(六)内脏镇痛药
内脏镇痛药可以缓解因胃十二指肠感觉传入异常引起的消化不良症状。国外研究资料表明，内脏镇痛药Fedotozine作为胃肠道传入神经元末梢k受体的激动剂，可以显著改善上腹痛和恶心症状，总体症状得分明显改善。
5-HT3受体拮抗剂可用于动力障碍型功能性消化不良，恩丹西隆可以明显改善餐后不适、饱胀和烧心等上消化道症状。目前认为它也可以用于治疗功能性消化不良。
奥曲肽是一种长效的生长激素类似物。在健康人中，它可以诱导十二指肠的MMC III期运动，因此被认为具有促动力作用和减低内脏感觉作用。
还可使用黏膜保护剂，如氢氧化铝凝胶、铋剂、硫糖铝、麦滋林-S等。